Les eaux les plus troubles pourraient apporter un surcroît de clarté au suivi de l’épidémie de Covid-19. Santé publique France (SPF) a annoncé, jeudi 5 octobre, lors d’un point de presse, que les données de surveillance issues du système Sum’Eau (pour « surveillance microbiologique dans les eaux usées ») seraient disponibles le jour même sur le site data.gouv.fr et intégrées à partir du 11 octobre au bulletin hebdomadaire de suivi des infections respiratoires aiguës, dont le Covid-19.
Dans la boîte à outils de SPF pour la surveillance du virus, Sum’Eau va rejoindre trois autres indicateurs employés de longue date : les passages aux urgences et les hospitalisations rapportés par le réseau Oscour, les signalements émanant des associations SOS médecins, et le réseau Sentinelles qui fait remonter les cas signalés par des médecins libéraux.
Dès le début de la pandémie, des chercheurs ont exploré la possibilité de suivre la circulation du SARS-CoV-2 à partir de la présence du virus dans les selles humaines et donc dans les eaux usées. La France a fait partie des pays pionniers en la matière, avec le réseau de chercheurs Obépine qui a publié des données entre l’été 2020 et le printemps 2022, issues de 200 stations d’épuration représentant 40 % des Français. Des membres d’Obépine ont d’ailleurs participé à la conception de Sum’Eau.
Le système de surveillance repose à ce stade sur les prélèvements réalisés dans douze stations d’épuration en France métropolitaine, soit une par région à l’exception de la Corse, « sélectionnées sur des critères de population et de représentativité territoriale », selon SPF. A plus long terme, « nous avons identifié une centaine de stations qui seraient intéressantes à suivre », précise Damien Mouly, le coordinateur national de Sum’Eau.
Les prélèvements hebdomadaires sont transmis au laboratoire d’hydrologie de l’Agence nationale de sécurité sanitaire de l’alimentation, de l’environnement et du travail (Anses) à Nancy. SPF précise que des « travaux exploratoires » sont en cours pour évaluer la possibilité de séquencer les virus trouvés dans les eaux usées de manière à y distinguer les différents variants en circulation, avec de « premiers résultats concluants ».
« Système multi-sources »
Les trois indicateurs publiés jusqu’à présent par SPF sont liés à l’examen clinique. De fait, ils ne peuvent rien dire des personnes asymptomatiques ou de celles qui pensent avoir contracté le Covid mais ne se font pas tester. Ce public, en revanche, est capté par l’analyse des eaux usées. En termes plus triviaux : si toutes les personnes infectées ne sont pas systématiquement dépistées, toutes, en revanche, passent régulièrement aux toilettes. « Cette indépendance par rapport aux comportements de dépistage ou à l’accès au soin est très intéressante », selon Caroline Semaille, la directrice générale de SPF.
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